Comparación del algoritmo centro estrella paralelo con uno basado en la colonia artificial de abejas (ABC) en el alineamiento múltiple de secuencias

Abstract

En la actualidad, se ha producido un considerable esfuerzo para desarrollar algoritmos que comparan las secuencias de macromoléculas biológicas, cuyo objetivo es detectar las relaciones evolutivas tanto estructurales como funcionales. El alineamiento múltiple es el que aporta mayor información biológica. El algoritmo centro estrella que en su proceso usa el alineamiento de pares de Needleman-Wunsch determina el alineamiento óptimo de varias secuencias. El uso de la programación paralela disminuye el tiempo de ejecución de este algoritmo. Los algoritmos de inteligencia de enjambre son ampliamente usados para resolver problemas de optimización en particular el algoritmo de la colonia artificial de abejas (ABC). Este trabajo presenta una comparación del algoritmo centro estrella paralelo con el algoritmo de colonia artificial de abejas en el alineamiento múltiple de secuencias comparando los tiempos de respuesta de ambos algoritmos y los puntajes de sus alineamientos. Se ha adaptado el algoritmo colonia artificial de abejas sin el uso de la programación paralela para realizar el alineamiento múltiple de secuencias. El software utilizado para ello fue el C# con la librería TPL (Task Parallel Library). Los resultados muestran que el algoritmo colonia artificial de abejas tiene un menor tiempo de respuesta mientras más secuencias se tengan que alinear, y si sus longitudes son grandes.